لم تمر مؤسسات مجتمع مدنى من صعوبات كالتي مرت بها المؤسسات اليمنية فمن اشتراطات الفساد من قبل القائمين على أعطاء التراخيص للعمل إلى قلة الدعم المتوفر ومن الحروب التي يحاربها المجتمع المدني إلى شيطنته من قبل السياسة والتي تتبعتها الجماهير الغفيرة كما هي دوما كالنعاج لتشيطن المجتمع المدني كذلك .

بالرغم من وجود القانون الخاص بالجمعيات والمؤسسات الاهلية وتقيد أغلب المؤسسات بالقانون إلا أن هذا لم يشفع لها أمام السلطة القائمة والتي ترى في المجتمع المدني محاربا لرغبتها في السيطرة والديكتاتورية وديكورية الديمقراطية التي تمارسه السلطة.

إن ما نحتاج بالفعل في مؤسسات المجتمع المدني هو الحصول على ضمانات أكثر شفافية وفعالية لحماية المجتمع المدني من شيطنتهمن قبل الحكومات والمجتمع , وأيضا إلى ضمانات لمشاركة فاعلة للمجتمع المدني في رفع قضايا المجتمع والشارع لصناع القرار وفى نفس الوقت الضغط على صناع القرار لتكون قراراتهم أكثر إحتراما لحقوق الإنسان والديمقراطية .

إننا نحتاج في المجتمع المدني إلى إيمان الحكومة بما نفعله وأن يكون هناك شراكة حقيقية بيننا وأن تكون هناك ضمانات لعدم إلتهام هذا المجتمع المدني وتجيير مخرجاته وأعماله لصالح السلطة المستبدة و المتناسية تماما للحقوق الإنسانية والحريات الأساسية.